Como programa de inversión, este Fondo representa el instrumento más descentralizado de los programas de inversión publica, toda vez que, conforme a la normativa legal que regula sus procesos de operación, el nivel central no tiene competencia alguna en las decisiones de inversión que priorizan y sancionan las autoridades regionales, enmarcándose en un proceso autónomo por parte de cada Gobierno Regional.

El FNDR se materializa mediante el financiamiento de diversas iniciativas de inversión (estudios, programas y proyectos), las cuales se han concentrado durante los últimos años en servicios públicos básicos (agua potable, alcantarillado, electricidad, vialidad, etc.), inversión social en infraestructura en los sectores de salud y educación y actividades de fomento productivo.